let’s encrypt は通常、証明書の発行や更新時にファイル認証を行います。
当然ですが、テストサイトなどでBasic認証など、
アクセス制限がかかっている場合は正常に発行されません。
認証用のファイルは下のディレクトリに設置されます。
.well-known/acme-challenge/
このディレクトリの配下は制限を解除する事で自動更新が行えます。
手っ取り早く .well-known/acme-challenge/.htaccess でBasic認証解除の
設定を書いておきましょう。
Satisfy any
order allow,deny
allow from all